Magnus Henrekson är i sin forskning huvudsakligen empiriskt inriktad. Sedan slutet av 1990-talet har hans forskning i hög grad varit inriktad mot att förklara företagsklimatets institutionella bestämningsfaktorer. Denna forskning bygger på premissen att spelreglerna (det institutionella regelverket) för företagande har en avgörande betydelse för branschsammansättning, företagsstruktur, företagstillväxt, graden av entreprenöriellt nyföretagande osv.
Tillsammans med Steven Davis vid University of Chicago har Magnus Henrekson utvecklat metoder för att visa att spelreglerna kan ha olika effekt på företag beroende på deras ålder, storlek, produktionsinriktning, ägandeförhållanden och kapitalintensitet. Denna metodik har tillämpats på ett antal områden för att förklara bl.a. företagsstruktur, företagstillväxt och benägenheten att starta företag, hur lönebildningssystemet påverkar företags- och branschsammansättningen, arbetsbeskattningens betydelse för valet mellan obetalt egenarbete och professionellt arbete och förklaringar till skillnader i betydelsen av akademiskt entreprenörskap i Sverige och USA. Andra närliggande forskningsområden är ägarstruktur och ägarpolitik samt sjukskrivningsregler och sjukskrivningsbeteende.
Under 1990-talet sökte Magnus Henrekson i flera projekt hitta förklaringar till varför den ekonomiska tillväxten varierar mellan länder. På detta område har han i samarbete med andra försökt kvantifiera eventuella tillväxteffekter av storleken på den offentliga sektorn, den ekonomiska integrationen i Europa, länders utbildningsnivå och öppenhet för utrikeshandel. Mer specifikt har han också försökt förklara varför tillväxten varit svag i Sverige sedan slutet av 1960-talet och åtminstone fram till mitten av 1990-talet.
Ämnet för Magnus Henreksons avhandling var An Economic Analysis of Swedish Government Expenditure. I avhandlingen utvecklas ett antal metoder för att testa alternativa teorier för att förklara den offentliga sektorns utveckling. Förutom forskning om den offentliga sektorn analyserade han under denna tid effekterna av 1980-talets avveckling på de svenska kredit- och valutamarknaderna, bl.a. i boken Räntebildningen i Sverige (1988, 1991).